La réserve M’Bouzi est une micro-bibliothèque de la végétation typique de Mayotte et des Comores. En effet, celle-ci présente 15 espèces patrimoniales dont une espèce a été considérée comme
éteinte depuis 1854, le Lagreziacomorensis.
Trois types de végétations considérées comme patrimoniales, car abritant une grande biodiversité, sont suivis sur M’Bouzi : la forêt primaire, secondaire et à Baobab. Ce suivi est important car ces habitats tendent à disparaître sur Mayotte à cause de l’activité de l’Homme. L’objectif de ces suivis est de caractériser la composition des peuplements forestiers, leur structure ainsi que leur potentiel de régénération.
La RNN de l'îlot M'Bouzi présente un très fort intérêt pour l'observation des oiseaux. L’îlot compte 23
espèces d’oiseaux dont 13 terrestres et 9 côtières. Plusieurs espèces endémiques de Mayotte y sont retrouvées comme le Souïmanga, Nestarinisacoquereli.
Tout au long de l'année des suivis sont réalisés sur 2 espèces terrestres : le Foudi des Comores (sous-espèces de Mayotte) Foudieminentissima, le Souïmanga Nestarinisacoquereli ; et une espèce côtière : le paille-en- queue Phaethonlepturus. En effet,l’îlot présente un habitat potentiel pour la nidification des pailles-en- queue, qui nichent dans des cavités de falaises.
Introduits en 1997, les makis font partie intégrante de l’îlot M’Bouzi. Nourris par une association jusqu’en 2012, la population n’a cessé d’augmenter. Cependant, à cette date, l’association cesse son activité et on constate que la population a diminué. Suite à cette baisse, un suivi de la population est effectué chaque année sur l’îlot. La population est maintenant considérée comme sauvage, et donc soumise à la sélection naturelle. Le dernier comptage recense environ 145 individus sur M’Bouzi.
Comportant une partie marine de 140 hectares, la RNN de l’îlot M’Bouzi possède 19 habitats différents, dont 7 ayant un intérêt patrimonial. D’autres espèces recensées y sont décrites pour la première fois à Mayotte comme l’apogon tigre Cheilodipterusarabicus, l’holothurie Actinopygalecanora, ou encore le corallimorphe Paracorynactis hoplites (recensé pour la seconde fois seulement dans le Sud-Ouest de l'océan Indien). Ainsi, de nombreuses opérations pour suivre l’état des récifs coralliens sont effectuées dont deux présentant des protocoles standardisés : le GCRMN et le Reef Check.