Outre que les suivis et études effectués sur la réserve, la gestion du site passe par plusieurs types de missions :

• Travaux de gestion écologique (TG) : travaux visant à soutenir un bon état écologique des milieux (lutte contre les espèces exotiques envahissantes, contrôle de la population de rats …) et relevant du génie écologique.
• Aménagement du site (AS) : inclus la création ou l’entretien de panneaux d’information, de sentiers, de la signalétique, du balisage, de petites infrastructures (Faré…). Intègre la contribution à la sécurité des visiteurs et les infrastructures de maîtrise des flux (barrière, etc.) pour la sauvegarde des milieux.
• Gestion administrative et financière (GA) : comptabilité, gestion des ressources humaines, gestion des conventions et recherche de financement, bilans et rapports d’activités, réunions…
• Plan de gestion (PG) : Concerne la rédaction et l’édition du plan de gestion simplifié, l’évaluation et l’élaboration du prochain plan de gestion.
• Sensibilisation (SE) : Interventions à but pédagogique réalisées par les agents de la réserve. Ces interventions peuvent développées dans le cadre de partenariats avec le réseau d’éducation à l’environnement. L’organisation de manifestations à caractère pédagogique rentre également dans cette catégorie.
• Communication (CO) : Ce volet comprend la création et l’animation des outils courants de communication (plaquette, site internet..) et les interventions avec les médias.
• Formation, missions extérieures, congrès (FM) : Renvoie à la représentation de la réserve dans les réseaux externes dans un but d’échanges d’expérience et de savoir-faire (RNF, CREN, Forum AMP…). Cette catégorie comprend également les formations à destination des agents de la réserve et les missions techniques conjointes entre partenaires de la gestion des espaces protégés à Mayotte.
• Secrétariat CCG, CSPN (SG) : Il s’agit des opérations ayant trait à l’organisation des instances de gouvernances de la réserve (Comité consultatif de gestion, conseil scientifique).
• Surveillance (SP) : Vise au respect des réglementations en vigueur: recherche d’infractions, tournées de surveillance, prévention, sensibilisation, contrôle des autorisations, relations avec le parquet.
• Gestion parc matériel (GM) : Renvoie à la gestion de la logistique des moyens technique et scientifique de la réserve dont l’entretien des différents équipements.