Au cœur de ce joyau de la biodiversité que représente la réserve naturelle de M'bouzi, un autre patrimoine a été préservé, témoin d’une partie de l’occupation humaine de l’îlot mai aussi de l’histoire de Mayotte. Il s’agit des vestiges bâtis de l’ancienne léproserie de ce territoire français de l’Océan Indien.

Le site historique de la RNN de l'îlot M'bouzi se situe dans un vallon en forme de cirque dominant une baie dans le lagon. Il est centré sur deux anciens bâtiments : les  lazarets ayant servi aux soins d'une colonie de lépreux ayant compté jusqu'à 150 personnes. L'un date du XIXème siècle dont il ne reste que les vestiges des murs d'enceinte hauts de 1 m en moyenne, l'autre a été restauré de façon sommaire au début du XXème siècle. Le site comprend par ailleurs un quai de débarquement rustique, des digues, des terrasses, des lignes d’empierrement pour la délimitation des parcelles, des sentiers balisés, des escaliers d’accès aux terrasses et un vestige de four creusé dans la roche.

Aussi inconnu que malmené par quinze années d’une utilisation déraisonnée de la part d’une association ayant introduit une population proliférante de lémuriens sur l’îlot, ce patrimoine a été identifié par le gestionnaire de la réserve à partir de 2011. Un projet conséquent était nécessaire pour restaurer et valoriser ce patrimoine négligé et détérioré jusqu’alors. 22 jours de travail sur le terrain ont été nécessaires au  nettoyage et à l’évacuation de 20m3 de déchets, à la création d’un sentier de découverte historique et naturaliste et à aux premiers travaux de restauration des aménagements périphériques des bâtiments.

Fruit d’une collaboration entre l’association des Naturalistes de Mayotte gestionnaire de la RNN de l’îlot M’bouzi, la Fondation du patrimoine, Réserve Naturelle de France, la Direction de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement et la Direction des Affaires Culturelles de Mayotte, cette initiative a été l’occasion de communiquer sur les missions de la réserve mais aussi d’impliquer les populations. Ainsi, l’association de réinsertion TAMA a été sollicitée pour les chantiers et l’association villageoise ADEDUPASS (Association pour le développement durable de Passamainty) partenaire de la réserve est intervenue bénévolement.

En restaurant ce patrimoine culturel, la réserve se fait gardien de mémoire d’une histoire locale, gage de son ancrage dans le territoire.